За легендою, храм отримав назву «Миколи Доброго» від фундатора, вдячного святому за визволення з турецького полону 1599 року. У XVII столітті церкву підтримували козаки як осередок православ’я на Подолі. На початку XVIII століття церква згоріла; новий ансамбль 1705–1716 років будував священник Симеон Ширипа, який вклав власні кошти й залучив інших доброчинців. 1716 року звели дзвіницю, що збереглася донині; на її другому ярусі була церква Симеона Стовпника, згодом — святої Варвари. 1800–1807 років поруч звели новий храм у стилі ампір за проєктом А. Меленського. 1935 року церкву Миколи Доброго зруйнували.
Прибудову галереї з аркадою на другому поверсі, ймовірно, зробили 1781 року; її характер близький до папертей собору в Козельці та ґанків Покровської церкви на Подолі, зведених Іваном Григоровичем-Барським. 1964–1969 років дзвіницю відреставрували в первісних формах (арх. М. Говденко). Триярусна цегляна дзвіниця має висоту 28 м з шатром і маківкою; фасади розчленовано пілястрами з цегляною «плетінкою».
З 1903 року настоятелем церкви був Олександр Глаголєв, історик церкви й богослов, професор Київської духовної академії, який володів 18 мовами. 1911–1913 років він виступав захисником у справі Бейліса й протестував проти погромів. 1932 року його виселили з будинку, і він облаштував кімнату для своєї бібліотеки на сходовому майданчику другого ярусу дзвіниці. 1937 року помер під час допиту в Лук’янівській в’язниці. Тепер тут храм греко-католицької парафії святого Михаїла.