Братський Богоявленський монастир заснував Київське братство — релігійно-просвітницька організація православного міського населення, створена на початку XVII століття. Навколо братства об’єдналися ремісники, купецтво, духівництво й козацтво, які протистояли католицькій експансії в умовах входження України до складу Речі Посполитої. Початок монастирю і школі при ньому поклала 1615 року Гальшка (Єлизавета) Гулевичівна, яка подарувала братству садибу на Подолі з умовою збудувати монастир, шпиталь, притулок для прочан і школу для дітей міщан, шляхти й сиріт. 1620 року гетьман Петро Конашевич-Сагайдачний вступив до братства разом з усім військом і забезпечив осередку політичну, воєнну й матеріальну підтримку; він заповів школі значну частину майна, а традицію опікунства продовжили інші гетьмани. Першими ректорами були Іов Борецький (1615–19), Мелетій Смотрицький (1619–20), Касіян Сакович (1620–24), Фома Ієвлевич (1628–31). У школі викладали давньоукраїнську, грецьку, латинську й польську мови, арифметику, геометрію, поетику, риторику, філософію, астрономію. 1632 року братську школу об’єднали з Лаврською, заснованою 1631 року Петром Могилою; новий заклад дістав назву колегіуму, а після смерті фундатора — Києво-Могилянського.
У часи Руїни колегіум занепав, але розквіту досяг за гетьмана Мазепи, який пожертвував значні кошти на навчання й нове будівництво. Статус академії колегіуму надано грамотами 1694 і 1701 років. Повний курс тривав 12 років, студентів було від ста до двох тисяч. Значну роль відіграв реформатор і меценат митрополит Рафаїл Заборовський, після смерті якого академія стала називатися Києво-Могиляно-Заборовською. Протягом XVII–XVIII століть академія була центром інтелектуального життя й духовного єднання українського народу: тут закладено підвалини української історії, філософії, поетичної школи, графіки, музики й театру. Ректорами були, зокрема, Іоаникій Галятовський, Лазар Баранович, Інокентій Ґізель, Феофан Прокопович, Георгій Кониський. Серед вихованців — гетьмани І. Виговський, І. Мазепа, П. Орлик, П. Полуботок, козацькі полковники С. Палій і С. Мужиловський, літописці С. Величко, Г. Граб’янка, філософ Г. Сковорода, композитори М. Березовський і А. Ведель, архітектори І. Зарудний та І. Григорович-Барський, мандрівник Василь Григорович-Барський.
Наприкінці XVIII століття російський уряд скасував залишки політичної автономії України, академія втратила підтримку старшини й занепала. 1786 року Катерина II видала указ про переміщення академії до Лаври і відкриття шпиталю в монастирі, але з 1799 року монастир відновлено. 1817 року Києво-Могилянську академію закрито, а в її приміщенні відкрито духовну семінарію, 1819 року реорганізовану в Київську духовну академію. Її закінчили, зокрема, С. Гулак-Артемовський, І. Нечуй-Левицький, О. Кошиць, П. Козицький; з 1872 року діяло Церковно-історичне та археологічне товариство, що заснувало Церковно-археологічний музей.
Ансамбль складався протягом XVII–XX століть. Богоявленську соборну церкву (1690–1693, архітектор Йосип Старцев) збудовано коштом Мазепи; 1703–1704 споруджено перший поверх старого академічного корпусу, 1740 року під керівництвом Й.-Ґ. Шеделя надбудовано другий поверх з конґреґаційною залою та Благовіщенською церквою; 1756–1758 лаврський майстер С. Ковнір збудував двоярусну муровану дзвіницю, а 1781 року споруджено будинок ігумена. Після пожежі 1811 року відбудову в стилі класицизму (1815–1831) очолював міський архітектор А. Меленський; 1822–1825 споруджено новий навчальний корпус, 1863–64 за проєктом П. Спарро реконструйовано старий академічний корпус. У церкві поховано Сагайдачного, поруч — могила Василя Григоровича-Барського. 1935 року дзвіницю, церкву й поховання зруйновано, інші споруди перебудовано. 1918 року навчання відновилося за гетьманату й діяло з новим статутом автономії; 1919 — радянська влада виселила академію з садиби, 1920 її ліквідовано. 1930-х монастир закрито; 1947–50 деякі будівлі відбудовано. Тут довго розміщувалися військово-морське училище, філія бібліотеки АН УРСР і лікарня. 19 вересня 1991 року діяльність академії відновлено на історичній території.