Київську духовну семінарію відкрито 1817 року на основі реорганізованої Києво-Могилянської академії, а з 1819-го вона стала самостійним закладом для підготовки священиків. До 1828 року містилася в академічному будинку бурси при Братському Богоявленському монастирі, а тоді переїхала в споруджений для неї будинок у садибі Петропавлівського монастиря, що згорів 1811-го. Крім триповерхового навчального корпусу, збудували одноповерховий флігель для кухні, їдальні й комори; 1830-го семінарії передали церкву Петропавлівського монастиря. До комплексу належали також лікарня і будинок ректора.
Архітектура корпусу — пізній класицизм: симетрично-осьова композиція головного фасаду підкреслена пілястрами великого ордера й уступчастим фронтоном, збереглася права в’їзна брама із закладеним арковим проїздом. Планування коридорне, у підвалі склепінчасті перекриття. 1871 року семінарія придбала сусідню садибу, а 1874–1876-го до головного корпусу добудували другу половину (арх. М. Іконников), надбудували флігель і з’єднали його з корпусом.
Навчання тривало шість років (чотири — загальна освіта, два — богословська); на курсі було близько 150 учнів. Тут навчалися Семен Гулак-Артемовський (1835–1838), Іван Нечуй-Левицький (1853–1858), Сергій Єфремов, а 1903-го семінарію закінчив Кирило Стеценко. Публічні екзамени відвідував митрополит Євгеній (Болховітінов). 1899–1901 років для семінарії звели новий будинок на Копиревому кінці (тепер Українська академія мистецтва), а стару споруду придбало духівництво єпархії і перевело сюди Києво-Подільське й Богуславське духовні училища. У радянський час навчальний заклад ліквідували, у 1920-х будинок передали Спілці водників під клуб; тепер він належить Національній гвардії України.